2. Alwi Shihab
PKB sebenarnya dipimpin Alwi Shihab sejak 15 Agustus 2001 menggantikan Matori Abdul Djalil. Alwi Shihab kemudian terpilih menjadi Ketua Umum PKB dalam Muktamar Luar Biasa (MLB) di Yogyakarta pada 20 Januari 2002.
Muktamar Luar Biasa ini digelar karena kubu Matori Abdul Djalil juga menggelar MLB di Jakarta dan mengangkat Matori sebagai Ketua Umum PKB. Seperti diketahui, MA akhirnya mengesahkan PKB Alwi Shihab.
Doktor lulusan Universitas Ain Syam, Mesir dan Universitas Temple, Amerika Serikat ini memimpin PKB hingga 25 Mei 2005. Meski awalnya didukung Gus Dur untuk memimpin PKB, tapi Alwi Shihab juga bernasib sama dengan Matori Abdul Djalil, dipecat dari jabatan ketua umum.
Alwi Shihab dan Sekjen PKB Syaifullah Yusuf dipecat karena masuk kabinet Indonesia Bersatu pimpinan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY).
Alwi menjabat sebagai Menko Kesra, sementara Syaifullah menjadi Menteri Pembangunan Daerah Tertinggal.
Pemberhentian itu karena PKB ingin membuat suatu tradisi tidak rangkap jabatan. Alwi Shihab sebenarnya menggugat secara perdata atas pemecatannya.
Namun saat proses hukum sedang berjalan, DPP PKB menyelenggarakan Muktamar II di Semarang pada April 2005. Hasilnya muktamar memilih Muhaimin Iskandar sebagai Ketua Umum PKB.
Meski akhirnya pemecatan Alwi Shihab dianggap MA tidak sah tapi keputusan tersebut hanya bersifat deklaratoir, sehingga permohonan Alwi Shihab agar dipulihkan harkat, martabat, serta kedudukan seperti semula ditolak.
Sebab, pembatalan SK DPP PKB tentang pemberhentian Alwi Shihab tersebut tidak memiliki kekuatan eksekutorial. Akhirnya Ketua Umum PKB tetap Muhaimin Iskandar.
