1. Matori Abdul Djalil
Setelah PKB resmi didirikan pada 1998, Matori Abdul Djalil terpilih sebagai ketua umum pertama. Politikus kelahiran Salatiga, 11 Juli 1942 ini memimpin PKB selama tiga tahun dari 23 Juli 1998 hingga 15 Agustus 2001.
Di bawah kepemimpinan Matori, PKB meraih dukungan cukup signifikan pada Pemilu 1999, yakni sebanyak 13.336.982 atau 12% suara. Perolehan ini menempatkan PKB di posisi ketiga setelah Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan (PDIP) dan Partai Golkar.
Langkah Matori yang tetap datang saat Sidang Istimewa MPR 2001 dengan agenda pemberhentian Gus Dur sebagai Presiden Republik Indonesia memicu perpecahan internal PKB. Matori yang waktu itu menjabat sebagai Wakil Ketua MPR mewakili PKB dianggap membangkang karena PKB mempertahankan Gus Dur menjadi Presiden RI hingga 2004.
Matori akhirnya diberhentikan dari jabatan Ketua Umum PKB. Matori yang diangkat menjadi Menteri Pertahanan oleh Presiden Megawati Soekarnoputri kemudian menggelar muktamar dan terpilih sebagai Ketua Umum PKB.
Namun kubu Gus Dur menggelar muktamar istimewa dan mengesahkan Alwi Shihab sebagai Ketua Umum PKB. Dalam proses sengketa, Mahkamah Agung (MA) akhirnya memutuskan PKB Alwi Shihab adalah yang sah. Matori Abdul Djalil telah meninggal dunia pada 12 Mei 2007 akibat sakit stroke yang dideritanya.
