Dilaporkan New York Times, sejak kudeta oleh MBS, Pangeran Nayef tak pernah terlihat lagi di publik. Sejumlah laporan, termasuk dari intelijen AS, memaparkan Pangeran Mohammed bin Nayef hingga kini masih menjadi tahanan rumah setelah melepaskan gelarnya sebagai putra mahkota.
Di masa awal penahanannya, Pangeran Nayef dilaporkan ditahan di sel isolasi, dilarang tidur hingga digantung terbalik di pergelangan kakinya, menurut dua orang yang diberi pengarahan tentang situasinya yang berbicara dengan syarat anonim karena sensitivitas masalah tersebut.
Pangeran Mohammed bin Nayef disebut mengalami kerusakan permanen pada pergelangan kakinya akibat perlakuan yang ia terima selama di tahanan dan tidak bisa berjalan tanpa tongkat.
Pada Agustus 2020, kuasa hukum Pangeran Mohammed bin Nayef melayangkan kekhawatiran terkait kondisi kesehatan kliennya. Ia menuduh otoritas Saudi tidak mengizinkan dokter atau keluarga mengunjunginya sejak menjadi tahanan.
