Naiknya Soeharto sebagai Presiden Indonesia ternyata belum cukup baginya untuk menguasai tanah air. Hadirnya Hartono disamping Soekarno menjadi ancaman tersendiri bagi Soeharto.
Berawal dari kemiliteran, Hartono dipindahkan ke kedutaan besar Korea Utara pada 9 November 1968. Hartono dan KKO mencium niat buruk dari Soeharto. Ia merasa Soeharto ingin menyingkirkannya secara perlahan. Dalam tugasnya sata pertemuan Dubes se-Asia Pasifik Hartono dipanggil kembali ke Indonesia.
Tak lama berselang, Hartono ditemukan meninggal dengan luka tembakan pada bagian kepala. Ditemukan pistol dengan peredam disampingnya. Diindikasikan Hartono meninggal karena bunuh diri. Namun banyak sekali kejanggalan yang belum terungkap dari wafatnya Jenderal KKO itu. Mayjen Jenderal Hartono dimakamkan di Kalibata pada tanggal 7 Januari 1971.
