Seperti saat menjabat sebagai Kepala Badan Pengelola Keuangan dan Aset Daerah (BPKAD) DKI Jakarta, Heru Budi sempat diperiksa KPK terkait kasus suap reklamasi pantai Jakarta.
Heru Budi juga kerap dikaitkan dengan kasus pembelian tanah Cengkareng dan tanah RS Sumber Waras di era Gubernur Basuki Tjahaja Purnama alias Ahok.
